SOPHIA GENETICS dope son IA en associant génomique et radiomique pour mieux combattre le cancer

SOPHiA GENETICS est le leader mondial de la DDM, « Data Driven Medicine », médecine basée sur les données. L’entreprise Suisse, située près de Lausanne, continue d’évoluer et après sa levée de fonds de 2017, met désormais à disposition du monde médical la première plateforme technologique associant génomique et radiomique pour lutter contre le cancer. Cette position est le résultat de l’acquisition début 2018 de la solution Nénuphar, élaborée par le mathématicien de l’Inria, Thierry Colin. Celui-ci, accompagné de son équipe, rejoint la société pourrenforcer la solution IA SOPHiA DDM en intégrant son expertise en modélisation numérique en radiologie. L’association de cette double compétence d’analyses représente une avancée majeure et place SOPHiA GENETICS dans une position unique au monde pour fournir un outil qui permet une prise en charge des patients avec une précision inégalée.

L’équipe du mathématicien Thierry Colin renforce les compétences en IA de SOPHiA GENETICS.

SOPHiA GENETICS, est déjà bien connue dans le monde pour sa solution d’analyse génomique qui permet aux médecins en charge de ce fléau qu’est le cancer, de proposer des parcours de soins plus personnalisés. Cette tech compagnie a développé IA SOPHiA, la technologie la plus avancée pour la génomique clinique qui aide les professionnels de santé à mieux diagnostiquer et traiter les patients. Il suffit de voir les trajets de son CEO qui intervient lors de nombreux événements internationaux, un des derniers étant la PMWC dans la Silicon Valley en janvier 2018, ou la position de l’entreprise dans la MIT Review d’Harvard ou Fast Compagny pour comprendre l’importance croissante que prend cette technologie et la notoriété justifiée de cette société suisse.
Désormais ce sont les capacités de la radiomique, grâce à l’acquisition de la solution Nénuphar, développée par Thierry Colin, mathématicien et chercheur à l’Inria qui viennent renforcer la plateforme. Comme me l’a expliqué Jurgi Camblong, le CEO de SOPHiA GENETICS, que j’ai eu le plaisir d’interviewer par téléphone, « la rencontre entre les 2 entrepreneurs a eu lieu au cours de l’été 2017, puis le projet s’est rapidement conclu entre 2 personnes qui avaient un background scientifique commun et une envie de développer le business autour de ce service à apporter aux médecins. » L’équipe de Thierry Colin basée à Bordeaux, va y demeurer. La Nouvelle Aquitaine va devenir une vraie terre d’exploration pour cette « Data Driven Medicine ». Un centre de R&D va être déployé qui sera destiné à répondre aux besoins concrets des hôpitaux. La solution radiomique Nénuphar sera implémentée dans les centres de radiologie et connectée à la plateforme SOPHiA DDM afin que ce cumul d’expertise ajoute une plus value au dossier médical. Cette plateforme va ainsi devenir de plus en plus multi-utilisateurs ce qui sera parfaitement bénéfique pour le suivi longitudinal du patient. Radiologue, Oncologue, Médecin, Chirurgien, tous les spécialistes impliqués dans la lutte contre le cancer vont pouvoir dialoguer et étudier les chiffres et les résultats fournis par la plateforme pour confirmer, infirmer ou faire évoluer un traitement. Si cette complémentarité entre génomique et radiomique saute au yeux et semble couler de source, ce n’est pas qu’au regard d’un aspect stratégique. C’est l’intérêt du patient qui en devient le premier bénéficiaire. Ces 2 technologies peuvent être utilisées dès maintenant séparément, mais l’objectif est d’intégrer ces deux solutions au plus tard d’ici un an. L’entreprise reste ouverte à d’autres solutions et garde un oeil sur tout ce qui peut enrichir l’analyse proposée aux médecins grâce  à la technologie. L’acquisition de Nénuphar est une des étapes de ce plan d’avenir que Jurgi Camblong imagine pour développer son entreprise, que cela soit en termes de techno ou de nouvelles compagnies à racheter.

Une solution complète pour accompagner le médecin et mieux adapter les traitements aux malades.

Le grand enjeu de cette évolution est la santé du patient et la pertinence de l’information délivrée au médecin afin que ce dernier soit sûr de son diagnostic. Il ne s’agit pas de se lancer dans des analyses prédictives concernant la possibilité ou pas de développer des tumeurs. Si l’analyse du génome permet déjà d’estimer des prédispositions et une sensibilité à cette terrible maladie qui surgit sans prévenir, elles ne s’avèrent pas fiables et ne s’appliquent avec un degré de confiance acceptable que dans le cas de certains cancers comme celui du sein ou du colon.
L’expertise de SOPHiA GENETICS intervient pour analyser les données des dossiers patients en phase de soins, afin que l’équipe médicale en charge puisse adapter avec plus de finesse les traitements en fonction des informations qui pourront être détectées tant grâce à la génomique qu’à la radiomique. On peut imaginer demain que la solution IA SOPHiA permettra de concevoir des scénarios de traitement affinés parce que le partage des informations aura permis de suivre des cohortes virtuelles de patients. En radiomique, le traitement algorithmique des images permet d’isoler des informations non visibles à l’oeil nu et de suivre avec beaucoup plus de précisions les évolutions des tumeurs qui ont été détectées. Ces nouvelles capacités s’ajoutent donc désormais à celles apportées par la génomique. Grace à SOPHiA l’intelligence collective est grandissante au service de la communauté scientifique qui peut se partager les résultats. Comme le précise le Prof. Jean-Yves Blay, Directeur Général du Centre Léon Bérard à Lyon « La personnalisation des traitements en oncologie est en cours grâce à l’utilisation de tests biologiques et génétiques de plus en plus performants et précis. Mais de nombreuses données disponibles en pratique clinique (données d’imagerie, données cliniques) ne sont pas agrégées à ces données génétiques. Avec le recrutement des compétences de Thierry Colin et de son équipe, SOPHiA GENETICS propose une IA regroupant tous les éléments accumulés pendant le parcours de soin du patient. Cette technologie ouvre la porte d’une médecine encore plus prédictive et personnalisée. »

Au cours des dernières années, l’utilisation de l’imagerie a augmenté de façon rapide grâce à une amélioration des outils et des post traitements informatiques. Il est maintenant possible d’extraire, à partir de l’image, des données quantitatives potentiellement exploitables afin d’améliorer les prises de décisions (radiomique). Les thérapies ciblées et l’immuno-thérapie incitent à ces analyses car l’interprétation de l’évolution temporelle des données radiologiques est difficile et ne se traduit pas toujours par une réduction de la taille tumorale. A partir des images médicales SOPHiA permet désormais d’accéder à des informations reflétant la physiopathologie tumorale et de les quantifier tout en reliant les données physiopathologiques de la tumeur aux analyses génétiques. Cela représente une avancée majeure et place SOPHiA GENETICS dans une position unique au monde pour fournir un outil qui permet une prise en charge des patients en lutte contre un cancer avec une précision inégalée.
« La mission et l’approche de SOPHiA GENETICS sont absolument uniques. Allier mathématiques et sciences pour créer une intelligence collective et ainsi mieux diagnostiquer et traiter les patients est quelque chose qui a motivé mes efforts de recherche ces 10 dernières années. En rejoignant SOPHiA GENETICS les modèles mathématiques créés avec l’équipe Nénuphar vont être rapidement déployés aux 4 coins du monde. Combiner radiomique et génomique sera transformationnel pour la prise en charge des patients en oncologie » décrit, Thierry Colin.

SOPHiA GENETICS quand l’IA se met au service de la santé

SOPHiA GENETICS est un bel exemple de réussite de startup suisse. J’avais rencontré Jurgi Camblong en juin 2016 lors de Viva Technology et comme il me l’a précisé lors de cette interview en cherchant les derniers chiffres dans un dossier de son ordinateur (le bruit du clavier l’atteste ;), « l’entreprise emploie actuellement 150 personnes et traite 10000 patients par mois en 2018 contre 4500 par mois lors de notre interview de juin 2016« . En France, l’entreprise travaille déjà avec 45 administrations publiques. Ce pays a d’ailleurs compris l’importance de ce domaine et lancé un plan Médecine France génomique 2025, assorti d’une enveloppe de 670 millions d’euros destinée à développer « la médecine personnalisée ».  L’ambition de SOPHiA GENETICS qui va se développer en France grâce à son implantation dans le Sud Ouest, région que connait bien Jurgi Camblong, est de viser également l’Amérique du Nord, pays qui semble déjà bien réceptif, même si l’expansion de l’entreprise montre que les points d’intérêts pour cette solution sont situés tout autour du globe.
A cette échelle, l’implantation de SOPHiA GENETICS est déjà impressionnante. Ce sont plus 400 institutions dans 55 pays qui utilisent la plate-forme d’analyse SOPHiA DDM et cela en fait la plus grande communauté de génomique clinique au monde. En permettant l’adoption rapide de tests génomiques dans le monde entier, en enrichissant sa solution avec la radiomique, en transformant les données en informations cliniques exploitables et en partageant le savoir à travers sa communauté, SOPHiA GENETICS démocratise la médecine basée sur les données pour sauver des vies.

Cette communauté repose sur les 150 salariés de l’entreprise, chiffre en croissance régulière également, dont une bonne partie sont des data-scientists, des Bio-informaticiens qui doivent connaitre le métier de la biologie, qui élaborent des algorithmes mathématiques spécifiques analysant les données et les restituant en terme de valeur, de scénario, aux équipes de médecins grâce à la plateforme SOPHiA DDM. L’outil n’est pas destiné à remplacer le docteur ou le spécialiste. Ce dernier bénéficie d’informations plus complètes et pertinentes et peut les intégrer dans sa réflexion pour délivrer son diagnostic et faire évoluer le traitement à appliquer. Comme l’indique le CEO dans une synthèse efficace et compréhensible, « il s’agit passer de la loupe au microscope » . Il a par ailleurs une vision très éclairée de son activité, car ce n’est pas à proprement un gourou de la tech. Il analyse celle-ci avec le regard rigoureux que son profil de biologiste lui permet d’avoir. La tech est utilisée pour améliorer la pertinence des résultats, pas pour se substituer au choix médical qui revient toujours au praticien.